Ich bin ja eigentlich nicht unbefleckt, was das Thema Modding in Videospielen angeht aber ich kriege in FO4 gerade keine einzige Mod ans Laufen.

Ich habe die Plugin-Dateien in den Data-Ordner verschoben und in den ini-Dateien die entsprechenden Einträge hinzugefügt:

Fallout4Custom.ini Fallout4Prefs.ini Die Load-Order passe ich mit LOOT an.

Ich hab mich schon lange nicht mehr mit den Spielen von Bethesda auseinandergesetzt.
Übersehe ich hier was?

EDIT:
Problem gelöst. Es lag wohl an LOOT.
Ich hab mal den Mod Organizer ausprobiert.

Du hast dein Problem ja schon gelöst und daher ist mein Beitrag eigentlich überflüssig aber rein um eine kurze Erklärung zu haben (und falls jemand ein ähnliches Problem hat):

LOOT selbst sortiert (bis zum jetzigen Zeitpunkt) nur die Ladereihenfolge - kann selbst aber keine Mods aktivieren (dafür ist das Tool nicht gedacht). Und daran lag es wohl auch - die Modifikationen müssten zuvor aktiviert werden (und dass waren diese bei dir anscheinend nicht). Dass kann entweder gut ein Mod-Manager erledigen (wie du es ja gelöst hast) oder man macht das manuell über die dafür zuständige Datei (zu finden unter %appData%/local/Fallout4/plugins.txt). Dass die jeweilige Mod aktiviert ist erkennt man in dieser Datei an einem "Sternchen" vor dem jeweiligen Dateinamen.

So, nun bin ich das auch losgeworden.